Đám tang trò Ơn (Trần Văn Ơn) ngày 12/1/1950 đã biến Sài Gòn - Chợ Lớn thành khối đoàn kết toàn dân, đông đến mức ngoài mọi dự đoán. Chưa bao giờ thành phố có một cuộc bãi công, bãi thị, bãi khóa triệt để như vậy.
Cùng các giới đồng bào giàu, nghèo sát cánh bên nhau, hơn 300 trí thức với những tên tuổi lớn như Lưu Văn Lang, Nguyễn Hữu Thọ, Trịnh Đình Thảo, Nguyễn Xuân Bái, Lê Văn Huấn… đã đi bộ theo đám tang đến tận mộ.
Nhiều công sở đã đóng cửa, im lìm, rất đông công chức, kể cả binh lính, cảnh sát đã lặng lẽ đi theo đám tang.
Là người chịu trách nhiệm tổ chức tang lễ, Luật sư Nguyễn Hữu Thọ đã nêu cao gương bất khuất của học sinh Trần Văn Ơn và nêu câu hỏi với hàng vạn người tề tựu kín nghĩa trang:
“Độc lập và tự do như nhà cầm quyền hiện nay đang tuyên truyền có đúng không?
Mọi người đồng loạt trả lời:
“Không! Không! Không!
Sau đám tang, trước khí thế cách mạng của quần chúng ngày càng dâng cao, Thành ủy Sài Gòn - Chợ Lớn chủ trương thành lập Phái đoàn đại biểu các giới để bảo vệ quyền lợi về dân sinh, dân chủ cho mọi tầng lớp đồng bào thành phố và duy trì, giữ vững các phong trào.
Luật sư Nguyễn Hữu Thọ được tín nhiệm bầu làm Trưởng Phái đoàn. Văn phòng của ông vẫn tiếp khách hàng ngày ở số 152 đường Charles de Gaulle trở thành trụ sở của Phái đoàn. Địch không đồng tình với sự xuất hiện của Phái đoàn đại biểu các giới nhưng ta kiên trì đấu tranh đòi các giới rất cần có chỗ dựa hợp pháp để khi có việc gì phức tạp xảy ra, dân còn có nơi đại diện, xứng đáng để làm việc với chính quyền.
Liền ngay sau đó, một vấn đề rất phức tạp xảy ra, có thể nói nguy hiểm cho cả nước, rất cần có sự bàn bạc giữa Phái đoàn các giới với nhà cầm quyền: Hai tàu chiến Mỹ Stickell và Anderson cập bến Thủ Thiêm (Sài Gòn), một hàng không mẫu hạm chở máy bay đậu ngoài khơi với chương trình ở lại một tuần lễ để biểu diễn không quân hòng uy hiếp tinh thần đồng bào ta. Một cuộc mít tinh được tổ chức cấp tốc, Luật sư Nguyễn Hữu Thọ kêu gọi mọi người đấu tranh đòi tàu chiến Mỹ phải rời bến Sài Gòn. Đây là cuộc đấu tranh chống Mỹ đầu tiên ở Việt Nam, Trung ương liên tục điện cho Thành ủy Sài Gòn - Chợ Lớn nhắc nhở huy động đông đảo nhân dân chống Mỹ.
Cuộc mít tinh bắt đầu khi ông Nguyễn Hữu Thọ kêu gọi mọi người đấu tranh đòi tàu chiến Mỹ phải rút khỏi Sài Gòn. Bọn Pháp không chịu nổi những lời lên án đanh thép của ông Nguyễn Hữu Thọ, gọi Mỹ là tên xâm lược cùng với bọn thực dân Pháp chiếm nước Việt Nam, chúng lệnh cho cảnh sát ném lựu đạn cay giải tán và cuộc mít tinh biến thành một cuộc tuần hành chống Mỹ với lá cờ đỏ sao vàng dẫn đầu tiến về phía chợ Bến Thành và tòa thị chính thành phố.
Lực lượng cảnh sát không ngăn nổi dòng người số đông là thanh niên sẵn sàng đánh trả dù chỉ có gậy gộc, gạch đá. Một tên quan ba Pháp lao xe ô tô vào đoàn biểu tình, đồng bào lật đổ xe, đốt xe và đánh nó trọng thương.
Ngay tối hôm đó địch đã bắt một số người mà chúng cho là lãnh đạo cuộc đấu tranh trong đó có luật sư Nguyễn Hữu Thọ. Khám Lớn rất quen thuộc với ông, bao nhiêu lần ông vào các xà lim gặp các thân chủ mà ông cãi, bênh vực tại tòa án, nay đến lượt ông bị giam cầm.
Các Luật sư Nguyễn Văn Huyền, Trương Đình Du cãi cho ông. Ra tòa địch tạm tha ông và ông lại tiếp tục hoạt động. Lúc này tài liệu bài vở ông đưa đến các báo không còn báo nào ở Sài Gòn dám đăng và việc thông tin cho nhân dân thành phố biết rõ tình hình, tránh mắc phải bả tuyên truyền bịp bợm của địch lại hết sức cấp thiết.
Địch bắt ông lần thứ hai, nằm trong Khám Lớn ông tham gia dự tuyệt thực với anh em tù đòi địch cải thiện chế độ lao tù. Bộ trưởng Bộ Tư pháp Nguyễn Khắc Vệ nhờ luật sư cãi cho ông nhắn ông ngừng tuyệt thực nó sẽ tạm tha ông nhưng ông từ chối. Địch chuyển ông sang bót cảnh sát Catinat, cán bộ và cơ sở ta bị giam ở đây rất đông.
Ông rất mừng khi được gặp Nguyễn Ngọc Nhựt một trí thức trẻ bị địch bắt, đã chịu đựng mọi đòn tra rất dã man của địch nhưng vẫn trung thành với kháng chiến.
Tiến sĩ Nguyễn Ngọc Nhựt, con giáo chủ Cao Đài Nguyễn Ngọc Tương ở Pháp về với vợ đầm (Pháp) nhà cầm quyền miền Nam mời ông làm Bộ trưởng Chính phủ, ông không nhận và ra chiến khu tham gia kháng chiến. Ông bị địch bắt và cũng đang bị giam tại bót Catinat. Một ít ngày sau chúng đã tra tấn ông đến chết. Giáo chủ Cao Đài Nguyễn Ngọc Tương nổi tiếng là một chức sắc tôn giáo ngưỡng mộ Cụ Hồ. Con trai lớn của ông Nguyễn Ngọc Bích là cán bộ quân sự của kháng chiến, là Khu bộ phó Khu 9 của ta mặc dù ông có quốc tịch Pháp. Nguyễn Ngọc Nhựt là em ruột ông, là kỹ sư nổi tiếng.
Lần này địch không đưa ông ra tòa xử, chúng ngại có thể xảy ra những phức tạp không lường trước được, dân Sài Gòn rất biết ông, nhất là tầng lớp thanh niên gắn bó với ông trong đấu tranh. Địch giật giây cho Bảo Đại ra một đạo dụ lưu đầy, quản thúc ông Nguyễn Hữu Thọ: Chúng sẽ đầy ông đến nơi xa xôi nhất, cách biệt hẳn với Sài Gòn. Máy bay đưa ông đến Sơn La rồi từ Sơn La, ô tô đưa ông đến Lai Châu.
Tới thị xã chưa phải là cùng đường đối với ông. Nghỉ tại thị xã mấy ngày, đi tiếp, chỉ còn đường mòn cho ngựa và người đi bộ, ba lính đã áp giải ông ngày đi đêm nghỉ trong ba ngày đến một bản hết sức heo hút chỉ có trên mười nóc nhà của đồng bào Thái, Bản Giằng, thuộc huyện Mường Tè. Một vùng rừng thiêng nước độc với một số đồng bào dân tộc sống rất cực khổ bám vào nương rẫy, thiếu đói quanh năm.
Không xử ông tại tòa, không giam cầm ông nhưng nơi địch đày ông rất khắc nghiệt, nhất là đối với ông hàng ngày đã quen nếp sống ở đô thị. Ở đây không có tin tức, sách báo, rất xa chợ búa, vợ con muốn lên thăm cũng không tìm đường đến nổi.
Ông ở một căn nhà nhỏ cạnh nhà ông Lý Văn Màn, Trưởng bản, gia đình ông Màn lo cơm nước cho ông suốt thời gian quản thúc. Cuộc sống thay đổi khác một vực một trời và nếu không chịu đựng nổi bất cứ lúc nào ông muốn trở về Sài Gòn cũng được thỏa mãn, chỉ cần ông tỏ ra ăn năn hối lỗi. Hơn một năm ở Bản Giằng ông đã chia sẻ đói no, buồn vui với dân bản. Dần dần nhà nào cũng quý mến ông.
Năm 1951, ta chiến thắng lớn ở biên giới, địch ở Lai Châu bị uy hiếp, chúng chuyển ông về xuôi và quản thúc ông ở Sơn Tây. Giữa năm 1952, địch trả lại tự do cho ông và về Sài Gòn, ông mở lại văn phòng luật sư.
Đất nước bị chia cắt. Miền Nam chịu sự quản lý của một nhà nước do Mỹ điều khiển. Cuộc đấu tranh chống Mỹ ở miền Nam ngày càng trở nên gay gắt, đòi hỏi miền Nam phải có một Mặt trận để đoàn kết các tầng lớp nhân dân. Năm 1960, sau Nghị quyết 15 và cả miền Nam đồng khởi, Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam Việt Nam ra đời.
Mặt trận đã có Ban chấp hành gồm các vị tiêu biểu của các tầng lớp nhân dân, chỉ còn Chủ tịch Mặt trận chưa thấy công bố. Chức vụ quan trọng ấy đã dự định dành cho Luật sư Nguyễn Hữu Thọ và Khu ủy Khu 5 nhận trách nhiệm cùng tỉnh Phú Yên bằng mọi cách đưa ông ra khỏi vùng quản thúc của địch về Trung ương Cục ở căn cứ Tây Ninh càng sớm càng tốt.
Kế hoạch giải thoát ông lần đầu tiên thất bại, bọn mật thám phát hiện được và mấy cơ sở đã bị bắt. Địch không để Luật sư ở Tuy Hòa, đưa ông và mấy ông trong phong trào bảo vệ hòa bình lên quản thúc tại Chi khu Củng Sơn, vùng rừng núi của Phú Yên.
Kế hoạch giải thoát ông lần thứ hai công phu hơn. Lực lượng võ trang ta đã tiêu diệt địch và làm chủ Chi khu Củng Sơn một đêm nhưng rất không may lại đúng ngày luật sư Nguyễn Hữu Thọ được địch cho về Tuy Hòa lĩnh quà của gia đình.
Chi khu Củng Sơn là chi khu đầu tiên của địch bị tiêu diệt ở chiến trường Khu 5, một thắng lợi lớn được đưa tin rộng rãi cả nước, kể cả bình luận kèm theo về sự trưởng thành vượt bậc của lực lượng vũ trang giải phóng miền Nam nhưng mục tiêu hàng đầu của cuộc tiến công không đạt được thì tất nhiên chỉ có lãnh đạo và một số người tham gia kế hoạch giải thoát Luật sư biết.
Còn nước còn tát, chức vụ Chủ tịch Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam Việt Nam vẫn để trống. Trung ương tiếp tục giao trọng trách cho Khu ủy Khu 5 bằng mọi giá đưa Luật sư Nguyễn Hữu Thọ về căn cứ.
Đầu năm 1961 một kế hoạch mới lại được tiến hành. Luật sư cáo bệnh nặng buộc địch phải đưa từ Củng Sơn về Bệnh viện thị xã Tuy Hòa. Một đơn vị đặc công phục kích sẵn ở nghĩa trang Hoa Kiều cách thị xã Tuy Hòa 4 cây số và một buổi chiều Luật sư mặc bộ đồ trắng như người đi hóng mát và đạp xe thong thả ra phía ngoài thị xã, tới nghĩa trang như đã hẹn - lần này địch lơi lỏng không theo sát ông nên ông đã tới nghĩa trang trót lọt.
Đơn vị đặc công đã đưa ông bộ bà ba đen thay bộ trắng và đưa ông đi suốt đêm, hôm sau mới tới một căn cứ của Phú Yên. Từ đây có ngựa đưa ông xuyên rừng suốt hơn một tháng mới về đến Trung ương Cục.
Năm 1962, Ủy ban Trung ương Mặt trận họp, nhất trí bầu ông là Chủ tịch và khi tin này ban ra cả nước, các cơ sở đã nuôi ông, bảo vệ ông suốt 6 năm ở Tuy Hòa, Củng Sơn và ở mãi Bàn Giằng (Lai Châu) cơ sở ở Hải Phòng rất vui mừng và tự hào đã được sống với ông như một người thân trong gia đình.